Le royaume féerique où se déroule cette histoire est un lieu d'harmonie et de paix, sous la protection bienveillante de deux splendides licornes, gardiennes des lieux. Mais Darkness, le seigneur du mal et de la haine, décide d'exterminer les licornes et de répandre sur le royaume une ère glaciale de désolation. Seuls la princesse Lily et le jeune Jack vont tenter de contrecarrer ses plans.

Au Vatican, à la tombée de la nuit. Dans le silence, seuls les pas des gardes Suisses se font entendre. Tout semble calme quand, tout à coup, la sonnerie du téléphone retentit. Une fenêtre s'éclaire et un homme endormi (John Malkovich) répond. La lune se teinte de rouge, la nuit devient sombre et sinistre. L'homme se lève et rejoint l'endroit de sa mission. Soudain, dans la pénombre surgit une...